Первый долговременный экипаж МКС в составе Уильям Шеферд, Юрий Гидзенко и Сергей Крикалев стартовал на корабле Союз ТМ-31 31 октября 2000 года. 2 ноября 2000 года, через два дня после взлета с космодрома Байконур в Казахстане, Союз ТМ-31 под управлением Юрия Гидзенко пристыковался к кормовому порту служебного модуля Звезда.

После успешной стыковки экипаж начал выравнивать давление между своим космическим кораблем и МКС, и после некоторых трудностей открыл люк орбитального отсека корабля Союз. Затем Крикалев открыл люк МКС и вплыл в модуль Звезда, включив на ходу свет, Гидзенко и Шеферд поледовали за ним.

Вскоре после входа на станцию Шеферд, Гидзенко и Крикалев собрались в рабочем отсеке, чтобы провести свой первый телевизионный сеанс связи с Центром управления полетами в Королеве, Россия, под Москвой. Диспетчеры в Центре управления полетами Космического центра имени Джонсона НАСА в Хьюстоне наблюдали за этим событием. Все трое кратко побеседовали с генеральным директором Российского авиационно-космического агентства Юрием Коптевым и администратором НАСА Дэниелом С. Голдиным.

После трансляции приступили к работе. Первыми задачами экипажа было включение дозатора горячей воды и туалетом. В течение следующих нескольких дней Шеферд, Гидзенко и Крикалев установили и активировали критически важные системы станции, такие как система производства кислорода и система удаления углекислого газа.

18 ноября они приняли первый грузовой корабль Прогресс, доставивший на МКС более 5 000 фунтов (2267,962 кг) грузов, воды и топлива. Система автоматической стыковки корабля Прогресс вышла из строя. Гидзенко провел успешную стыковку с помощью ручной системы управления.

Две недели спустя космонавты приветствовали своих первых гостей - экипаж шаттла Индевор STS-97. Экипаж Индевора установил первый сегмент ферменной конструкции станции, включая первый пакет солнечных батарей, обеспечивающий электропитание орбитальной станции. В феврале 2001 года экипаж Атлантис STS-98 доставил к станции американский лабораторный модуль Дестини (Destiny) - главный американский исследовательский модуль. В следующем месяце во время миссии Дискавери STS-102 на станцию был доставлен многоцелевым логистический модуль с необходимыми материалами и первыми исследовательские приборы, которая были установлена в модуле Дестини. На шаттле Дискавери прибыли астронавты второй экспедиции МКС, которые сменили Шеферда, Гидзенко и Крикалева. Экипаж второй экспедиции: российский космонавт Юрий Усачев и астронавты НАСА Джеймс Восс и Сюзан Хелмс. Первая экспедиция на МКС закончилась через 141 день, когда Дискавери приземлился в Космическом центре Кеннеди НАСА 21 марта 2001 года.